Črevný mikrobióm je pojem zahŕňajúci všetky mikroorganizmy osídľujúce ľudská črevo. Zloženie črevnej mikrobioty môžeme ovplyvniť viacerými faktormi, ako napríklad životný štýl, strava, lieky. Mikrobiálna rovnováha je dôležitá pre správne fungovanie organizmu.